南京共有72所大学，其中公办本科院校26所，公有民办二级学院及独立学院11所，专科院校20所，成人高校9所，军事院校6所。南京有仙林大学城、江宁大学城和浦口大学城三个大学城，拥有的国家重点学科居全国第三位。 南京高等教育毛入学率为61%，人均受教育超过14年，从南京走出的两院院士近200人。南京是中国最具教育发展力城市，中国高等教育重镇排行仅次京沪，中国最佳求学城市排名全国第三，世界最佳留学城市排名中国大陆第三。
南京大学城主要分为三个大学城。
1、仙林大学城。现已有南京大学、南京师范大学（含中北学院）、南京财经大学、南京邮电大学、南京中医药大学、南京森林公安高等专科学校、南京理工大学紫金学院等11所高校；
2、江宁大学城。包括南京航空航天大学，东南大学，正德学院，南京医科大学，江苏经贸学院，江苏海事学院，南京交通学院，南京金陵科技学院，南京晓庄学院，中国传媒大南京分校（南广学院），南京工程学院；
3、江浦（浦口）大学城。包括南京工业大学，南京审计学院，东南大学，南京大学，南京信息工程大学，南京农业大学工学院。
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